在水环境治理方面，我市相继实施了仙女湖、孔目江、袁河等水环境综合整治，先后关闭搬迁了孔目江、袁河两岸100余家企业，取缔了仙女湖水域内3万多个网箱养鱼，在仙女湖、孔目江两个饮用水源地建立污水处理设施，对重点企业开展了废水、废渣等项目的治理。通过对水环境的综合治理，全市境内主要河流湖泊水质保持稳定，两个主要饮用水源保护区水质稳定在Ⅱ类。
我市还对水生态系统进行了修复。水利部门对全市流域面积200平方公里以上的5条河流全面开展河道综合整治，另有9个项目已编制治理规划报上级水利部门。通过加强水生态系统保护与修复，提升了生态功能，促进人与自然和谐发展。
水资源管理保护方面，我市加强了水功能区动态监测和科学管理，划定以孔目江、仙女湖饮用水源保护区沿岸一公里为界的保护线，建立水环境保护屏障。为切实做好水资源保护工作，2013年市水务局制定了《新余市全面推行水库生态化养殖方案》，并经市政府印发。两年多来，在各级各部门的共同努力下，水库生态化养殖工作取得了初步成效。全市小（二）型以上水库316座，到目前为止，有192座实行了生态化养殖，水质达到Ⅲ类水标准，占全市水库的60%，其余水库正按要求逐步推行生态化养殖。
